Prima stagione con al vertice societario Pietro Vavassori, e ottimo il ruolino di marcia sul campo dei bustocchi nel campionato 2011-2012, con i biancoblu che però pagano una penalizzazione record di 13 punti, a seguito di irregolarità amministrative riscontrate nella precedente gestione, senza la quale sarebbero stati a lungo al comando della classifica. Questa penalizzazione viene poi diminuita di due punti. La Pro Patria durante tutta la stagione continua l'inseguimento ai Play-off: se è vero che, al netto del pesante fardello della penalizzazione, avrebbe vinto il girone e sarebbe stata promossa direttamente in Lega Pro Prima Divisione, con due giornate di anticipo, invece così alla fine della stagione si deve accontentare del settimo posto, ad un solo punto dai Play-off. Miglior marcatore stagionale dei bustocchi è stato il bresciano Matteo Serafini, che con 19 reti si piazza in seconda posizione nella classifica dei marcatori del girone A, discreto anche il bottino di 14 reti del napoletano Luca Giannone. In questa stagione i tigrotti partecipano con poca fortuna a due Coppe Italia, in quella nazionale escono subito affondati (4-1) dal Lumezzane, mentre nella Coppa Italia di Lega Pro escono dal torneo nel primo turno eliminatorio, perdendo allo Speroni (0-3) con la Pro Vercelli.
Lo sponsor tecnico per la stagione 2011-2012 è, per l'ultimo anno, Macron; sulla maglia non è presente alcun sponsor ufficiale per la prima metà della stagione; nel periodo invernale fa il debutto il logo della Italsempione, come sponsor secondario, e resterà fino al termine della stagione
La prima maglia resta la classica biancoblu; la seconda maglia è nera.
^Partita rinviata per impraticabilità del campo e recuperata il 15 febbraio 2012.
^Giornata interamente spostata al 25 aprile 2012, in segno di lutto per la morte del giocatore Piermario Morosini, avvenuta il 14 aprile 2012, nel corso della gara di Serie B Pescara-Livorno.
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