La stagione 1989-1990 è stata la terza di Pierluigi Frosio sulla panchina allenatore del Monza.
La Coppa Italia inizia con l'eliminazione dal primo turno ad opera del Napoli.
In campionato il Monza disputa un discreto girone di andata chiuso a metà classifica con 19 punti. Nel girone di ritorno si assiste al progressivo scivolamento verso la zona retrocessione, situazione che costringe la squadra a giocare tutte le partite con il coltello fra i denti, ma non è sufficiente.
Mentre Cosenza e Barletta si salvano grazie alla classifica avulsa, il Monza ed il Messina sono costrette a giocarsi la salvezza ad uno spareggio che viene disputato a Pescara il 7 giugno 1990.
La vittoria arride ai messinesi mentre il Monza torna dopo sole due stagioni in Serie C1.
Il miglior realizzatore di stagione brianzolo è stato Edi Bivi con 11 reti.