Koniec lepki
Koniec lepki, koniec kohezyjny – kilkunukleotydowy jednoniciowy odcinek DNA znajdujący się na końcu dwuniciowego DNA[1].
Końce lepkie mogą być efektem hybrydyzacji łańcuchów jednoniciowych DNA o odpowiedniej sekwencji, na przykład oligonukleotydów syntetycznych[2], lub powstawać przez przecięcie dwuniciowej cząsteczki DNA enzymem restrykcyjnym[1].
Przykładowo enzym restrykcyjny EcoRI rozpoznaje sekwencję 5′-GAATTC-3′ w dwuniciowym DNA:
- 5′ G|A A T T C 3'
- 3′ C T T A A|G 5'
i niesymetrycznie przecina dwuniciową cząsteczkę w taki sposób, że na nowo powstałych zakończeniach znajdują się jednoniciowe fragmenty o długości czterech nukleotydów z wystającym końcem 5′.
- 5′ G 3′ 5′ A A T T C 3′
- 3′ C T T A A 5′ 3′ G 5′
Inny enzym restrykcyjny – PstI – rozpoznaje sekwencję 5′-CTGCAG-3′ i przecina ją w następujący sposób:
- 5′ C T G C A|G 3′
- 3′ G|A C G T C 5′
co daje końce lepkie z wystającym 3′:
- 5′ C T G C A 3′ 5′ G 3′
- 3′ G 5′ 3′ A C G T C 5′
Jak widać z powyższych przykładów, istnieją dwa rodzaje końców lepkich: z wystającym końcem 3′ lub 5′. Jest to istotne w biologii molekularnej podczas umieszczania insertu w wektorze.
Cząsteczki DNA zakończone komplementarnymi końcami lepkimi, w odróżnieniu od cząsteczek zakończonych końcami tępymi, mogą łączyć się ze sobą (hybrydyzować) poprzez wiązania wodorowe (stąd nazwa „lepkie”), co ułatwia ich ligację[3].
Przypisy
[edytuj | edytuj kod]- ↑ a b końce kohezyjne. Słownik terminów biologicznych PWN. [dostęp 2013-08-02].
- ↑ R. Crea, A. Kraszewski, T. Hirose, K. Itakura. Chemical synthesis of genes for human insulin. „Proc Natl Acad Sci USA”. 75 (12), s. 5765–9, 1978. PMID: 282602.
- ↑ Gregory J.S. Lohman, Stanley Tabor, Nicole M. Nichols: DNA Ligases. W: Current protocols in molecular biology. Willey & Sons, 2003. DOI: 10.1002/0471142727.mb0314s94.